РНК-полимераза в процессе элонгации цепей РНК перемещается вдоль матричной ДНК неравномерно, с остановками (паузами). Время задержки РНК-полимеразы в определенных участках генов меняется под действием белковых факторов. Эффективность транскрипции фрагментов ДНК зависит от последовательностей нуклеотидов, окружающих транскрибируемые участки генов.

Регуляторная роль терминаторов транскрипции заключается в прекращении синтеза РНК на границе гена и освобождении полученной РНК из транскрипционного комплекса . Терминаторы встречаются не только на границах одиночных генов, но и в конце генов, входящих в состав оперонов . Эффективность терминации транскрипции на внутренних терминаторах может регулироваться, что сопровождается изменением скорости синтеза РНК на последовательностях нуклеотидов оперонов, расположенных за терминаторами.

Функционирование аттенюаторов - регулируемых терминаторов транскрипции бактерий, сопряжено с синтезом лидерного пептида рибосомами . Этот тип регуляции используется грамотрицательными бактериями для изменения уровня транскрипции оперонов, контролирующих биосинтез аминокислот, и его отличительной чертой является образование альтернативных вторичных структур РНК под влиянием рибосом, прекращающих трансляцию на кодонах аминокислот, которые клеткам необходимо синтезировать. Прокариоты и эукариоты способны реагировать на вне- и внутриклеточные процессы изменением скорости элонгации транскриптов.