T-лимфоциты способны распознать антиген на поверхности другой клетки лишь взаимодействуя с этой клеткой. Без взаимодействия с клеткой распознавание вообще не произойдет.

Рассмотрим в этой связи функционирование цитотоксических T- лимфоцитов ( T-киллеров ) при вирусной инфекции. Когда вирус заражает клетку, начинается скрытая фаза инфекции, во время которой клеточный аппарат белкового синтеза перестраивается для репликации вируса, и о его присутствии внутри клетки свидетельствует лишь экспрессия вирусного антигена на поверхности клетки. Уничтожение клетки в этой фазе инфекции цитотоксическим лимфоцитом предотвращает репликацию вируса.

Каким образом цитотоксический T-лимфоцит находит свою мишень? Прежде чем ее поразить, он должен распознать вирусный антиген, который расположен на поверхности клетки-мишени. Внеклеточные вирусные частицы не могут быть его мишенью. Это двойное распознавание осуществляется T-клеточным рецептором, идентифицирующим и вирусный антиген и молекулы MHC класса I , которые экспрессируются практически на любой клетке тела и служат ее маркерами. Таким образом, T-киллер проявляет цитотоксическую активность, распознав расположенный на клеточной поверхности вирусный антиген плюс молекулы MHC класса I, т.е. инфицированную вирусом клетку. Иными словами, вирусный антиген служит сигналом вирусной инфекции, а молекулы MHC класса I - сигналом клетки.