Доказано, что индивидуальные мяРНК участвуют во множественных, динамических взаимодействиях при сплайсинге. Поэтому идентификация консервативных и структурных элементов мяРНК много говорит об этих взаимодействиях.

Молекулы U4 и U6 дрожжей почти идентичны по размерам их аналогам из клеток млекопитающих. Тем не менее в U4 отмечаются только ограниченные области гомологии. За исключением сайта связывания Sm наибольшая гомология наблюдается в 5' концевой части молекулы ( см. таб ). В отличие от этого U6 может быть выравнена на протяжении почти всей своей длины, за исключение короткого вариабельного участка на 5' конце ( см. таб ). Существует 60% гомология по всей длине дрожжевой и U6 млекопитающих, возрастающая до 80% в центральной трети РНК. Эта особенность делает U6 наиболее консервативной мяРНК.

Для U6 выделяют четыре домена ( см. таб и рисунок ). 5' концевой район содержит структуру стебель/петля, наиболее вариабельную по длине (14 - 31 н-да) и ответственную за все различия по длине для U6 (98-116 н-дов). Есть доказательства того, что этот участок является белок-связывающим сайтом. Довольно высокая консервативность 3'половины центрального домена U6 предполагает его участие в важных взаимодействиях.

Наиболее длинный консервативный участок U6 участвует в межмолекулярном спаривании с U4 ( Brow D., 1988 ). Существование стебля I первоначально было продемонстрировано с помощью химического сшивания мяРНК млекопитающих ( Rinke J.,1985 ). Стебель II содержит многочисленные компенсаторне замены.

В U4 две межмолекулярные спирали разделены внутримолекулярной спиралью.

Наиболее интересной особенностью мяРНК U4/U6 является домен взаимодействий. Этот участок подвергается циклической диссоциации при реакции сплайсинга ( Cheng S.-C., 1987, Lamond A.I., 1988 ) и другим преобразованиям. Одна из ролей U4 заключается в связывании каталитически активного домена U6 до того, когда становится благоприятной формирование сплайсосомы. Согласно этому, U6 играет центральную роль в сплайсосомальном аппарате, в то время как U4 работает главным образом как отрицательный эффектор.