Гены HLA находятся на 6-й хромосоме . Совокупность генов HLA, лежащих на одной хромосоме, называют гаплотипом HLA а на обеих хромосомах - генотипом HLA .

Поскольку наследование гаплотипов HLA подчиняется законам Менделя, вероятность совпадения генотипов HLA у братьев и сестер составляет 25%. Однако следует учитывать, что кроссинговер (обмен гомологичных хромосом участками во время мейоза) с однопроцентной вероятностью приводит к образованию нового гаплотипа HLA.

Отдельный кластер генов MHC обозначается как "гаплотип" и обычно наследуется весь целиком как отдельный менделевский признак; гены, входящие в его состав, выявляются при кроссинговере. Гены HLA наследуются кодоминантно и передаются потомству двумя блоками - по одному от каждого родителя ( рис. 17.1 ). Такой блок носит название гаплотипа HLA. Частота рекомбинаций внутри гаплотипа HLA составляет около 1%, в материнской хромосоме она несколько выше. Ребенок наследует по два аллеля каждого гена HLA: один из материнского гаплотипа, другой - из отцовского. Если удается выявить лишь одну аллельную форму какого-нибудь антигена HLA, это означает, что носитель гомозиготен по данному аллелю или в типирующем наборе нет сыворотки для определения другой аллельной формы антигена. Гаплотип HLA можно установить лишь при анализе наследования генов HLA в семье.

Если отцовские гаплотипы HLA обозначить буквами a и b, а материнские - c и d, у потомства возможны 4 комбинации гаплотипов ( рис. 17.2 .). При этом вероятность совпадения и вероятность полного несовпадения генотипов HLA детей и родителей составляет 25%, а вероятность совпадения одного из гаплотипов - 50%.