Рассмотрим функционирование цитотоксических T-лимфоцитов при заражении бактериями. Ситуация с внутриклеточными бактериями и простейшими совсем иная, чем при вирусной инфекции. Скрытая фаза инфекции не наступает, поскольку поглощенный макрофагами возбудитель остается инфекционным. Лизис макрофага цитотоксическим T-лимфоцитом приведет к высвобождению микроорганизма без его инактивации. Поэтому в основе иммунитета лежит иной механизм, реализуемый популяцией T-клеток- эффекторов гиперчувствительности замедленного типа. Они распознают инфицированный макрофаг по экспонированию на его поверхности микробного антигена, находящегося в комплексе с гликопротеином MHC класса II , который в данном случае служит сигналом макрофага. В результате распознавания T-клетки выделяют лимфокины , стимулирующие внутриклеточное уничтожение возбудителя макрофагом.