Молекулы MHC класса II являются гетеродимерами, построенными из нековалентно сцепленных тяжелой альфа- и легкой бета-цепей.

Ряд фактов указывает на близкое сходство альфа- и бета-цепей по общему строению. Внеклеточная часть каждой из цепей свернута в два домена (альфа1, альфа2 и бета1, бета2, соответственно) и соединена коротким пептидом с трансмембранным сегментом (длиной примерно 30 аминокислотных остатков). Трансмембранный сегмент переходит в цитоплазматический домен, содержащий примерно 10-15 остатков.

Антигенсвязывающая область молекул MHC класса II формируется альфа-спиральными участками взаимодействующих цепей подобно молекулам I класса , но при одном существенном отличии: антигенсвязывающая полость молекул MHC класса II формируется не двумя доменами одной альфа-цепи, а двумя доменами разных цепей - доменами альфа1 и бета1.

Общее структурное сходство между двумя классами молекул MHC очевидно. Это - однотипность пространственной организации всей молекулы, количество доменов (четыре), конформационное строение антигенсвязывающего участка, близкие мол. веса.

В структуре молекул II класса антигенсвязывающая полость открыта больше, чем у молекул I класса, поэтому в ней могут поместиться более длинные пептиды.

Важнейшая функция антигенов MHC (HLA) класса II - обеспечение взаимодействия между Т-лимфоцитами и макрофагами в процессе иммунного ответа. Т-хелперы распознают чужеродный антиген лишь после его переработки макрофагами , соединения с антигенами HLA класса II и появления этого комплекса на поверхности макрофага.

Антигены класса II присутствуют на поверхности В-лимфоцитов , активированных Т-лимфоцитов , моноцитов , макрофагов и дендритных клеток .

Гены MHC класса II кодируют связанные с мембраной трансмембранные пептиды (гликопротеины). Молекулы антигенов гистосовместимости класса II ( DR , DP , DQ ) также как и класса I являются гетеродимерными белками, состоящими из тяжелой альфа-цепи (33 кДа) и легкой бета-цепи (26 кДа), кодируемые генами HLA -комплекса. Обе цепи формируют по два домена: альфа1 и альфа2, а также бета1 и бета2 (см. MHC: полиморфизм генов ; рис.3.16б ).

Каждая из цепей этих молекул состоит из двух Ig-подобных доменов, трансмембранного и цитоплазматического участков. Имеются некоторые различия между антигенами MHC класса II , кодируемыми локусами DR, DP и DQ. У продуктов генов DQ-локуса альфа-цепь является инвариантной, а аллельное разнообразие обусловливается бета-цепью, прежде всего бета1-доменом. В случае антигенов, кодируемых DP и DQ локусами, для обеих цепей обнаружены аллельные формы, однако и для них основной вклад вносится бета1-доменом. У антигенов MHC класса II антигенсвязывающий центр формируется альфа1- и бета1-доменами, в то время как роль примембранных доменов сводится к усилению связывания АПС - T-хелперы за счет взаимодействия с  CD4 -антигеном.

 Дж.Браун с соавт. разработали гипотетическую модель связывания пептидов такими биомолекулами, основываясь на результатах сопоставления мономорфных и полиморфных участков молекул класса I и II. Предполагается, что пептидсвязывающий участок молекул MHC класса II формируется из альфа1- и бета1-доменов, которые образуют основу из бета- укладки и двух альфа-спиралей. Согласно этой модели неконсервативные аминокислотные остатки, расположенные внутри "желоба" и на внутренней поверхности альфа-спиралей, ответственны за связывание с пептидами, а аминокислотные остатки, локализованные на внутренней или верхней поверхности альфа-спиралей, взаимодействуют с Т-клеточным рецептором TcR .

Продукты MHC класса II ассоциированы, главным образом, с B- лимфоцитами и макрофагами и служат распознаваемыми структурами для T- хелперов .

Антигены MHC класса II - крайне полиморфные семейства молекул. См. MHC класса II: гомология с Ig