Archaebacteria и Eubacteria часто объединяются в единую группу бактерий или, иногда, монер (Moneres - греч., одинокий). Известно свыше 5 000 видов, представляющих собой маленькие клетки без ядра и органоидов. Поскольку эти клетки не имеют ясно выраженного ядра (т.е. нуклеиновые кислоты не отделены от цитоплазмы ядерной мембраной), они получили наименование прокариот . В течение прибл. 2 миллиардов лет (начиная с 3 600 млн лет назад до 1 600 млн лет назад) монеры владели миром.

Спустя 2 млрд лет появились более крупные и более сложные клетки - эукариоты. Вероятно, они более тесно связаны с архебактериями, чем с собственно бактериями. Все эукариоты имеют выраженное ядро (их генетический материал сосредоточен за ядерной мембраной) и органоиды, такие как митохондрии, хлоропласты и т.д., локализованные в цитоплазме. Ранние классификации объединяли автотрофных эукариот с растениями в Prophyta , а гетеротрофных - с животными в Protozoa (простейшие).

Более современный альтернативный анализ предполагает, что одноклеточные эукариоты схожи друг с другом значительно больше, чем с многоклеточными животными, растениями и грибами, и к тому же сама многоклеточность могла возникать несколько раз. Исходя из этого одноклеточные эукариоты и объединены в отдельное царство Protista. 

Monera включает прокариотные организмы, находящиеся на самом примитивном уровне клеточной организации.