Гены разных тРНК (в эукариотической клетке насчитывается 40-60 основных типов тРНК) часто сгруппированы в кластеры, расположенные в разных хромосомах. Характер организации генов тРНК в составе таких блоков сильно варьирует у разных организмов. В целом организация генов тРНК в кластерах не столь регулярна, как в случае рибосомальных РНК : направление транскрипции близлежащих генов бывает противоположным, а гены могут быть разделены нерегулярными промежутками, включающими 100-150, а иногда и несколько тысяч нуклеотидных пар. Природа и функции участков ДНК, разделяющих гены тРНК, не выяснены.

Внутри генов тРНК обнаружены два района, необходимые для того, чтобы осуществилась правильная и эффективная транскрипция. Например, для одного из исследованных генов тРНК это области, кодирующие нуклеотиды 8-25 и 50-58 молекулы тРНК. Два участка такого "расщепленного промотора " совпадают с районами гена, которые соответствуют наиболее консервативным районам молекул тРНК в дигидроуридиловой (D) и псевдоуридиловой (T) петлях, содержащих наибольшее количество инвариантных нуклеотидов. Для активной транскрипции требуется сохранность расстояния между районами D и T промотора, которое составляет около 50 п.н. В то же время эту область гена можно заменить без ущерба на чужеродную. Район генов тРНК, кодирующий интрон, выщепляемый в результате процессинга , не играет роли в инициации транскрипции. Внутри районов генов 5S РНК и тРНК, определяющих точную и активную транскрипцию, можно найти гомологии по нуклеотидной последовательности. Регуляторные элементы узнаются  фактором TFIIIC , который образует с ними прочный комплекс. Четыре полипептидные цепи, входящие в состав комплекса TFIIIC-промотор, контактируют друг с другом и покрывают участок ДНК между положениями -25 и +75. Канонический регуляторный элемент в окрестностях точки инициации транскрипции был локализован путем анализа последовательностей нуклеотидов в соответствующих генах тРНК.