Аполипопротеин В (Аpо В) занимает центральное место в системе аполипопротеинов и является обязательным компонентом липопротеинов очень низкой плотности ( ЛПОНП ), липопротеинов низкой плотности ( ЛПНП ), липопротеинов промежуточной плотности ( ЛППП ) и хиломикронов.

Аполипопротеин В отличается гетерогенностью: Аpо В(100) имеет молекулярный вес 512 000 и обнаруживается, главным образом, в хиломикронах , ЛПОНП и ЛПНП , а Аpо В(48) с молекулярным весом, равным 241 000, - только в хиломикронах, описана также форма Аpо В(26). В делипидированном состоянии аро В оказался нерастворимым в воде, что сделало весьма затруднительным определение его первичной структуры. Однако, путем клонирования соответствующего гена удалось установить аминокислотные последовательности обоих форм Аро В и доказать, что Аро В(48) представляет собой N-концевую часть Арпо В(100). Оба белка кодируются одним геном, и их раздельный синтез осуществляется, по-видимому, благодаря введению в информационную РНК во время или после транскрипции терминирующего кодона, что происходит в клетках тонкого кишечника , но не в печени ( Soutar A.K. ea, 1977 ).

Кроме структурных функций апо В₁₀₀. выполняет роль лиганда для рецептора ЛПНП гепатоцитов , а также скэвенджер-рецептора макрофагов и эндотелиальных клеток [ Yang C.Y. et al., 1986 ].

Полная форма Аpо В - Аpо В(100) - содержит 4536 аминокислот.

Апопротеин В100- это основной белковый компонент ЛПОНП , ЛППП и ЛПНП , образующихся в печени .

Апопротеин В100 служит лигандом рецептора ЛПНП ( апопротеин-В,Е-рецептора ).

Структура рецептора ЛПНП и последовательность кодирующего  его гена расшифрованы.

Апопротеин-В,Е-рецепторы взаимодействуют также с липопротеидами , содержащими апопротеин Е .

Аpо В48 - это фрагмент апопротеина В100, главный апопротеин хиломикронов и их остаточных компонентов . Апопротеин В48 синтезируется в кишечнике .

Апопротеин-В,Е-рецепторы не распознают апопротеин В48, поэтому остаточные компоненты хиломикронов удаляются из крови в печени с помощью рецептора апопротеина Е .