Гены MHC класса III кодируют молекулы Ss и Slp . Они представляют собой высокомолекулярные соединения, состоящие из трех субъединиц с мол. массами 100, 75 и 35 кД. Функционально эти белки являются компонентами комплемента . Этот же класс генов контролирует синтез цитокинов - ФНО-альфа и ФНО-бета , принимающих участие в регуляции иммунного ответа.