HLA и H-2 - наиболее детально изученные компоненты MHC человека и мыши, соответственно. (Разные обозначения номенклатуры обусловлены исторически независимым развитием терминологии для разных видов, хотя предпочтительность единой номенклатуры очевидна). H-2 контролирует "сильные" трансплантационные антигены, вызывающие интенсивную реакцию отторжения. Набор генов в комплексе H-2 получил название гаплотипа H-2; гаплотипу каждой прототипной линии присвается конкретное буквенное обозначение.

У мышей число локусов, контролирующих трансплантационные антигены , составляет несколько десятков. Локус H-2 является доминантным. См. MHC: полиморфизм генов